Die Anfänge
Bereits seit Ende des 19. Jahrhunderts führte das Historische Museum Frankfurt eine Archäologische Abteilung mit reichen Sammlungen heimischer Altertümer und antiker Kleinkunst. Unter anderem aus der römischen Stadt NIDA (Frankfurt-Heddernheim) gelangten viele Fundstücke in die Bestände.
Museum für heimische Vor-und Frühgeschichte
Eigenständige Aufgabenbereiche und Platznot führten 1937 zur Gründung eines selbständigen Museums für heimische Vor-und Frühgeschichte. Erstes Domizil war das alte Dominikanerkloster im Herzen der Stadt, in dem auch die zahlreichen römischen Steindenkmäler der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden konnten.
Der Krieg erzwang jedoch bereits 1942 die Schließung des Museums. Teile der wertvollen Bestände wurden vernichtete.
Neugründung in der Nachkriegszeit
1954 konnte das Museum für Vor- und Frühgeschichte von seinem neuen Direktor Ulrich Fischer im Holzhausenschlösschen mit einer Dauerausstellung zur Archäologie Frankfurts neu eröffnet werden. In den nächsten beiden Jahrzehnten standen die umfangreichen Ausgrabungen im römischen NIDA (Frankfurt-Heddernheim), in der Frankfurter Altstadt und im Stadtwald im Mittelpunkt der Museumsarbeit.
Die außergewöhnliche Menge der geborgenen Funde sprengte schon bald das Fassungsvermögen der Museumsdepots. Zwei weitere Dauerausstellungen mussten daher außer Haus untergebracht werden: 1976 entstand im Deutschordenshaus eine Ausstellung zur römischen Stadt NIDA, 1977 folgte eine Ausstellung zu den Altstadtgrabungen im Historischen Museum.
Archäologisches Museum Frankfurt
1989 zog das Museum in die von Josef Paul Kleihues wiederaufgebaute gotische Karmeliterkirche und die angeschlossenen Neubauflügel ein und kann seiner Bedeutung für die Stadtgeschichte und kulturelle Identität der Bürger mit einer Ausstellungsfläche von 1400 qm gerecht werden. Der südliche Teil des Kreuzgangs des Karmeliterklosters dient zudem als Lapidarium, wo römische Steindenkmäler bestaunt werden können.
Seit 2002 führt das Museum den Namen Archäologisches Museum Frankfurt.